La fundación agustina de Nava del Rey data de finales del siglo XVI, momento en el que un grupo de agustinos se asentó en la ermita de Ntra. Sra. de la Concepción. En 1641, tras diversas vicisitudes, adquieron los terrenos aledaños a un humilladero en el camino de Medina del Campo, donde construirán definitivamente el convento.
La desamortización terminó con la orden agustina en Nava del Rey en 1830, aunque el edificio se ocupará de nuevo en 1883 por los PP. Redentoristas. De esta época son algunas de las imágenes y retablos que se conservan en la iglesia, como la Virgen y San Juan, que desfilaron en las procesiones de la Semana Santa navarresa. A mediados de 1970 el conjunto fue adquirido por la comunidad de PP. Mercedarios.
Últimamente, el dificio se ha remodelado y convertido en una residencia geriátrica, manteniendo algunas dependencias de época agustina y redentorista.
